Το κόστος κατασκευής και το μακροπρόθεσμο{0}}κόστος λειτουργίας των σπιτιών εμπορευματοκιβωτίων αποτελούσαν πάντα μια σημαντική ανησυχία. Οι ερευνητές, μέσα από εκτενείς υπολογισμούς του συνολικού κόστους διαφορετικών μονωτικών υλικών καθ' όλη τη διάρκεια ζωής τους, ανακάλυψαν μερικά ενδιαφέροντα φαινόμενα: ενώ χρειάζονται παχύτερα μονωτικά στρώματα σε περιοχές με μεγάλο-υψόμετρο, αυτό δεν σημαίνει απαραίτητα μεγαλύτερο κόστος-αποτελεσματικότητας. Ορισμένα-μονωτικά υλικά υψηλής τεχνολογίας (όπως τα πάνελ κενού αερογέλης), παρά την εξαιρετική τους απόδοση μόνωσης, είναι δύσκολο να υιοθετηθούν ευρέως λόγω της υψηλής τιμής τους.
Αξίζει να σημειωθεί ότι η βελτιστοποίηση του σχεδιασμού μέσω επιστημονικών μεθόδων υπολογισμού μπορεί όχι μόνο να μειώσει το αρχικό κόστος κατασκευής αλλά και να μειώσει σημαντικά τις επακόλουθες δαπάνες κατανάλωσης ενέργειας. Αυτή η προσέγγιση ολιστικής βελτιστοποίησης καθιστά τις κατοικίες εμπορευματοκιβωτίων πιο ανταγωνιστικές από άποψη κόστους-αποτελεσματικότητας, παρέχοντας ισχυρή υποστήριξη για την ευρεία υιοθέτησή τους. Αυτά τα ευρήματα παρέχουν πρακτικές αναφορές για τον οικονομικό σχεδιασμό σπιτιών εμπορευματοκιβωτίων-λαμβάνοντας υπόψη τόσο την αρχική επένδυση όσο και τον προσεκτικό υπολογισμό των μακροπρόθεσμων-κοστών λειτουργίας.
